안녕하세요.

영등포 세무사, 세무회계 유수의 송미영 세무사입니다.

지난 2026년 3월, 수년간 많은 관심을 받아왔던 장애인고용부담금의 손금산입 여부에 대한 대법원 판결이 확정되었습니다. 이를 통해 장애인고용부담금을 손금불산입했던 법인사업자라면 많이 낸 세금을 돌려받을 수 있는 경정청구가 가능하게 되었습니다.

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과거에 낸 세금은 법인의 과거 세무조정 내용을 검토하고 대상이 된다면 경정청구를 접수하면 되지만

앞으로의 처리 방식은 어떻게 해야하는지 또한 법인사업자의 세무 리스크 관리 측면에서 중요합니다.

최근 재정경제부는 장애인고용부담금에 대한 세법해석을 내놓았습니다. 

장애인고용부담금이 손금불산입 공과금에 해당되는지 여부

재정경제부 법인세제과-415, 2026.05.29

[요지]

「장애인고용부담금은 2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 「법인세법」 제21조제5호에 따른 공과금에 해당하지 않음

[회신]

「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 「법인세법」 제21조제5호에 따른 공과금에 해당하지 않으나, 2024.12.31. 법률 제20613호로 개정된「법인세법」 제21조제5호에 따른 공과금에는 해당하는 것입니다. 이 경우 개정된「법인세법」 제21조제5호는 2025.1.1. 이후 장애인고용에 대한 의무 불이행에 따라 부담금 의무가 발생하는 분부터 적용하는 것입니다. 끝.

위의 재정경제부의 입장은 법인세법 개정 전/후를 비교하며 설명하고 있습니다. 

의미를 확인하기 위해 법인세법 제21조의 개정 내용을 비교해보겠습니다.

개정 전 (2024.12.31 법률 제20613호로 개정되기 전)

법인세법 제21조 세금과 공과금의 손금불산입

다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

개정 후

법인세법 제21조 세금과 공과금의 손금불산입

다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금

많은 이슈가 되었던 판례인 대법원 2026.3.12 선고 2025두35058 판결은 

장애인고용부담금이 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지, 제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 해당한다고 보아 손금에 산입할 수 없는지의 여부를 다툰 것입니다.

대법원은 장애인고용부담금은

• 고의 또는 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생
• 의무를 이행하지 않더라도 위반에 대한 처벌 규정이 별도로 존재하지 않는 점 등을 고려하여

장애인고용부담금이 "제재로서 부과되는" 공과금에 해당하지 않는다고 보았습니다.

개정된 법인세법에서는 제재 라는 표현을 삭제하고 "위반을 이유로 부과되는 공과금"으로 손금불산입 대상을 새롭게 규정하였고, 이에 대한 재정경제부의 해석 또한 장애인고용부담금이 손금불산입 대상에 포함됨을 밝히고 있습니다. 관련 사항을 법인 세무 실무에 참고하시면 좋겠습니다.

(※ 적용시기 : 개정된「법인세법」 제21조제5호는 2025.1.1. 이후 장애인고용에 대한 의무 불이행에 따라 부담금 의무가 발생하는 분부터 적용)

앞서 언급된 장애인고용부담금의 법인세 경정청구 대상 여부, 

법인의 상황을 고려한 전문가와의 세법 상담이 필요하시다면 편하게 연락주시기 바랍니다.

대표세무사 직통 연락처 : 010-9208-3841

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